Dział Dokumentacyjny zajmuje się głównie ewidencjonowaniem zbytków będących w posiadaniu Muzeum. Eksponaty ze zbiorów Muzeum Pojezierza Myśliborskiego to przede wszystkim przedmioty powiązane bezpośrednio bądź pośrednio z regionem. Są to m.in.: znaleziska archeologiczne, dokumenty, karty pocztowe, monety i medale, militaria, wyroby z porcelany, szkła i cyny, rzeźba sakralna, malarstwo, meble, art. gospodarstwa domowego, narzędzia, sztandary.
Dział zajmuje się też inwentaryzowaniem nowo pozyskanych eksponatów, pochodzących najczęściej z wykopalisk archeologicznych i nadzorów prowadzonych przez Muzeum, a także zabytków darowanych przez mieszkańców Gminy Myślibórz. Eksponaty są wpisywane do inwentarzy, zakładane są karty katalogowe z dokładnym opisem oraz dokumentacją fotograficzną bądź rysunkową; następnie zostają zdigitalizowane poprzez umieszczenie w bazie danych gromadzącej informacje o muzealiach (system MONA).
Oprócz gromadzenia dokumentacji zabytków Dział prowadzi bibliotekę muzealną, jest to zbiór wydawnictw naukowych i albumowych o charakterze ogólnym z dziedziny: sztuki, archeologii, historii, kultury oraz pozycje dotyczące historii i wiedzy o Regionie. Biblioteka prowadzi również kronikę Muzeum, w której gromadzi się artykuły, zdjęcia, foldery i plakaty wystaw, dotyczące działalności placówki. Jest również archiwum prasowe, które obejmuje wybrane gazety ukazujące się w Myśliborzu i regionie na przestrzeni lat.
Dział Dokumentacyjny prowadzi też rejestr sztuki współczesnej, która trafia do zbiorów z plenerów malarskich organizowanych przez Muzeum. Są to głównie obrazy wykonane w różnych technikach, a także grafika i rzeźba, autorstwa wielu, bardziej lub mniej znanych artystów z Polski i zagranicy.