Tradycje muzealnictwa myśliborskiego sięgają 1928 roku kiedy to w przebudowanym skrzydle klasztornym otworzono ekspozycje muzealne poświęcone prahistorii, średniowieczu, zabytkom sakralnym, etnografii i historii ziemi.

           Powojenna placówka muzealna powstała 1 stycznia 1967 r. i do 15 listopada korzystała z pomieszczeń w Powiatowym Domu Kultury w Myśliborzu. Od 16 listopada pierwszą siedzibą placówki była Brama Pyrzycka, w której mieściło się biuro i magazyn. W tym czasie funkcję kierownika muzeum objęła Danuta Traczyk. W maju 1969 r. muzeum otrzymało pomieszczenie w kaplicy św. Gertrudy z przeznaczeniem na wystawy czasowe. Jedną z pierwszych była wystawa prac plastyków amatorów ziemi myśliborskiej oraz trwająca niespełna miesiąc wystawa fotografiki studenckiej agencji oraz amatorów z Myśliborza pt. „Miasto moje w fotografii”. W tym czasie muzeum posiadało w swoich zbiorach 107 eksponatów.

          Ze względu na stan techniczny pomieszczeń kaplicy św. Gertrudy i Bramy Pyrzyckiej podjęto decyzję o przystosowaniu na potrzeby muzeum Kaplicy św. Ducha. W 1972 roku ówczesny kierownik placówki - mgr Janina Dwojewska złożyła potrzebną dokumentację na remont i adaptację Kaplicy. 1 września 1973 roku stanowisko kierownicze przejęła mgr Elwira Guzińska – Adamczyk. W we wrześniu 1974 roku muzeum posiadało w swoich zbiorach 120 eksponatów. Działalność muzeum w 1975 roku opierała się przede wszystkim na: ustaleniu tematyki wystaw stałych, które byłyby prezentowane w nowym budynku, zbieraniu materiałów do wystaw oraz opracowywaniu ich scenariuszy, przygotowaniem magazynu na przyjęcie eksponatów oraz prowadzeniem badań penetracyjnych na terenie powiatu celem pozyskania eksponatów. Rok później muzeum przeszło pod zarząd administracyjny Myśliborskiego Ośrodka Kultury, a dotychczasowa kierownik muzeum objęła stanowisko instruktora MOK ds. muzealnictwa. Pomimo fatalnych warunków lokalowych kierownik muzeum przy pomocy pracowników innych współpracujących muzeów przeprowadziła inwentaryzację zbiorów, założyła księgi inwentarzowe i dokumentację fotograficzną. Ponadto zgromadziła biblioteczkę muzeum oraz została przeprowadzona konserwacja rzeźb barokowych.

           W 1977 roku rozpoczęto remont Kaplicy św. Ducha, który trwał blisko dwa lata. Kaplica św. Ducha została wybudowana z kamieni i cegły prawdopodobnie w I połowie XV wieku. Funkcje sakralne pełniła do okresu reformacji w XVI wieku. W 1539 roku w wyniku pożaru miasta budynek kaplicy uległ częściowemu zniszczeniu. Został odbudowany w II połowie XVI wieku, początkowo pełniąc funkcję owczarni, a następnie browaru. Kolejnym przeznaczeniem budynku był magazyn soli w XVIII wieku. Kaplica po 1839 roku funkcjonowała jako remiza strażacka. Pod koniec XIX wieku przeszła w ręce prywatne i została zaadoptowana na mieszkanie. Wielokrotnie była modernizowana. Ostatni duży remont przeprowadzono w 1933 roku, podczas którego zmienione zostało oryginalne lico kaplicy w około 60 %. Po remoncie w kaplicy zaaranżowano prawdopodobnie pomieszczenia służbowe Oficerskiego Powiatowego Okręgu Wojskowego oraz Powiatowego Wojskowego Urzędu Meldunkowego. Po zakończeniu II wojny światowej w 1945 roku kaplica została przeznaczona na potrzeby Związku Gospodarczego Spółdzielni R.P., następnie była użytkowana przez Wojewódzki Związek Gminnej Spółdzielni Samopomoc Chłopska Zakład Handlu w Myśliborzu jako magazyn sprzętu gospodarstwa domowego.

            20 września 1979 roku odbyło się uroczyste otwarcie Muzeum w odrestaurowanym budynku kaplicy. W chwili otwarcia otworzono stałą ekspozycję archeologiczną pt. „Osadnictwo wczesnośredniowieczne na Pojezierzu Myśliborskim”, oraz dwie wystawy czasowe: „Wyroby kotlarskie-XIX wieczne naczynia miedziane”-z Muzeum Miedzi w Legnicy, „Dorobek kulturalny województwa gorzowskiego-prace gorzowskich artystów plastyków i fotografików”.

           Do chwili obecnej pełni główną siedzibę Muzeum, w której znajdują się trzy wystawy stałe, jedna wystawa czasowa, biura, pracownie i magazyn.